台北市公共運輸處（簡稱公運處）是台北市政府交通局的下屬機關。
依據法規體系與行政層級，其運作體系分為行政隸屬機關（誰管公運處）與業務主管機關（法規業務權責分工）兩個維度。
一、 行政隸屬與組織階層（由高至低排序）
依照行政組織層級，最高領導與監督機關排序如下：
1. 台北市政府（最高地方行政機關，市長為最高首長）
└── 2. 台北市政府交通局（一級機關，決策與監督台北市整體交通政策）
└── 3. 台北市公共運輸處（二級機關，負責執行公車、計程車、複康巴士等公共運輸實務管理）
二、 業務法規的主管機關層級（中央與地方）
在公共運輸管理（如計程車、公路客運、市區公車）的法規體系中，「主管機關」依《公路法》與《地方制度法》分為中央與地方兩級：
1. 中央主管機關：交通部
- 層級：國家級最高交通主管機關。
- 職掌：負責制定全國性的交通法規（如《公路法》、《汽車運輸業管理規則》）、全國性營運運價核定原則、駕照與執照發放制度等。
- 下設相關署局：
- 交通部公路局：負責省道管理、跨縣市公路客運、全國監理業務（核發駕照、車牌、辦理計程車執業登記證考試與監理等）。
2. 地方主管機關：直轄市 / 縣（市）政府
- 層級：地方自治主管機關（在台北市即為台北市政府，並授權台北市政府交通局/公運處執行）。
- 職掌：負責轄區內的市區汽車客運業（市區公車）、計程車客運業（營業區域管理、地方運價調整初審、招呼站設置）、公共自行車（YouBike）及複康巴士等在地公共運輸的營運監督與行政管理。
三、 公運處內部的組織部門分工
台北市公運處內部依業務性質，設有以下科室分工處理不同運務： 科室名稱主要業務職掌 業務稽查科計程車營運管理、服務評鑑、違規稽查、營運設備（如計費表）規範及計程車服務站管理。 大眾運輸科市區公車路線規劃、班次營運監督、公車補貼及服務質量評鑑。 智慧運輸科智慧交通系統（ITS）、公車動態資訊系統、YouBike 公共自行車營運與管理。 一般運輸科復康巴士服務管理、藍色公路（水上客運）及其他輔助性公共運輸。 綜合規劃科整體公共運輸政策規劃、客運轉運站（如台北轉運站、市府轉運站）管理與長途客運協調。 行政單位秘書室、人事室、政風室、會計室（負責行政後勤與法制事務）。
